Efter en period av lugn och dynamisk tillväxt under 1200-talet, utbröt inbordeskriget i Polen, i och med succesionsstrider om den polska kungatronen mellan de polska furstarna efter Przemyśl II. Även klostret delade Wielkopolska områdets öde och den materiella storheten i en stor del av klosterbebyggelserna förföll. Under första hälften av 1300-talet kom starosten av Wielkopolska, Wierzbięta av Paniewic, till klostrets hjälp. Han fick stöd hos Kung Kazimierz den Store och Wielkopolskas adel till att återbygga klostret i Ląd och dess forna storhet. Tack vare hans mecenat lyckades man renovera och utbygga klostret ytterligare.

  För klostret påbörjades en ny storhetstid. Under 1400-talet hade abottdömmet i sitt beneficium 53 byar och 3 städer under sig. Lugnet blev återigen bestört på grund av religiösa och nationella konflikter under 1500-talet, som hade sitt ursprung i reformationen och processen av „polonisering“ av de polska klostren, av vilka många fortfarande var dominerade av utländska kyrkomän. Den polska riksdagen införde en lag att alla abbotar i de polska abbotdömena skall vara polacker-adelsmän, vilket blev en orsak till nationella spänningar i klostret i Ląd, där munkarna från Tyskland sedan flera sekel tillbaka dominerade. Slutligen blev de tyska munkarna i Ląd anklagade för att sympatisera med den protestantiska reformationen, vilket medförde att alla de tyskättade munkarna lämnade Ląd 1553 och begav sig till klostret i Henryków I Śląsk (Schleisen).

  Klostrets förste äkta polske abbot blev Jan Wysocki (1560-1568). Under 1600-talet påbörjade abbot Jan Zapolski (1644-1689) en genombyggnad av klosterkyrkan i barockstil. Arkitekterna – Tommaso Poncino, Jan Koński och Giorgio Catenazzi – rev ned större delen av den gamla romanska kyrkan och byggde på den gamla kyrkans fundament nya kyrkomurar i barockstil. Dessa arktiekter hann endast bygga den nuvarande östra delen av Kyrkan.

  Under 1700-talet upplevde klostret sin ytterst största blomstringstid under abbot Mikołaj Antoni Łukomski (1697-1750), en stor konstmecenat och reformator av de polska cistercienserklostren. Under hans regeringstid fortsatte den italienske arkitekten Pompeo Ferrari, sedan 1728, byggnationen av den nya barockkyrkan och utbyggnaden av klostret. Interiören ombesörjdes av målarna- Georg Wilhelm Neuherz, Adam Swach, F.L. Raedtke, samt gravörerna och skulptörerna- Bartłomiej Adrian, Ernst Broger och Jan Erntygeler samt orgelmästaren- Józef Koegler. Ärkebiskopen Krzysztof Antoni Szembek av Gniezno invigde den ombyggda kyrkan 21 juli 1743.

  Klostrets blomstringstid sammanföll i och med att Polen slutligen forlorat sin självständighet och Ląd blev en del av det område som ockuperades av Preussarna. Preussarna plundrade klostret 1796 fråntog klostret dess mark. 1819 blev Ląd en del av det så kallade „Polska kungadömmet“, som i praktiken var styrt av ryssarna. Under påtryckningar från Tsarregeringen var Ärkebiskopen av Warszawa Franciszek Skarbek-Malczewski tvungen att förklara kasation (stängning av klostret). De äldsta munkarna fick tillåtelse att vara kvar i klostret, medan de yngre munkarna var tvugna att lämna klostret och det blev även förbjudet att ta emot nya kandidater till klostret.

  År 1822 gick klosterömradet över i Greve Wacław Gutakowski’ s ägor. For att rädda klostret lyckades han övertyga de ryska myndigheterna att överlåta klostret till kapucinerna, en gren av franciskanerna. De bosatte sig i Ląd 1850 och påbörjade en renovering av kyrkan och klostret (till stor del tack vare gåvor från Warszawas invånare). 1855 avslutade man renoveringsarbetet. Kapucinernas fruktsamma vistelse i Ląd varade endast i fjorton år. Ar 1863 engagerade sig munkarna, genom kärlek till hemlandet, på januariupprorets sida. De gömde i klostret fader Maksymilian Tarejwo, en kapucin som tjänstgjorde som upprorsmännens kapelan. De skyddade denne kapucinmunk fram till april 1864 då han arresterades. Ryssarna hängde fader Maksymilian Tarejwo på torget i Konin, medan de övriga munkarna blev förvisade till Sibirien och föreståndare Berg stängde klostret.

  1888 köpte Biskop Aleksander Bereśniewicz från Włocławek klosterområdet och inrättade år 1890 en församling i Ląd som ombesörjdes av vanliga stiftspräster.

  År 1918, när Polen återfick sin självständighet sökte man efter nya invånare i klostet som skulle kunna återföra det till dess gamla glans. Tack vare medling av fader Franciszek Szydłowski, kyrkoherden i Słupca, lyckades Biskopen av Włocławek Stanisław Zdzitowiecki överlämna klosterobjektet till det Salesianska Ordenssällskapet år 1921. Salesianerna inrättade i klostret ett lägre seminarium och påbörjade renoveringen av det till stor del förfallna klosterområdet, och återupprättandet av dess gamla och ärevördiga skönhet samtidigt som de adapterade och moderniserade vissa utrymmen för sina pedagogiska behov.

  Det lägre prästseminariet (klosterskolan för pojkar i gymnasieålder), som drevs av salesianera utvecklades mycket fruktsamt fram till andra världskrigets utbrott. 1939 inrättade nazisterna, inom ramen för exterminering av det polska folket, i klostret ett fångeläger for polska präster. Härifrån transporterades sedan prästerna vidare till koncentrationsläger. Fram till 1941 var 152 präster, både stiftspräster och munkar/ordensmän, fängslade här, bland dem Salige biskopen Michał Kozal (som led martyrdöden i koncentrationslägret Dachau och saligförklarades av Påven Johannes Paulus II 1987) Efter lägrets upplösande inrättades i klostren en anstalt av Hitlerjugend.

  Salesianerna återvände till klostret efter krigets slut, 1945, och reaktiverade det lägre seminariet. Undervisningen kunde fortsätta ostört endast fram till 1952, då polska folkrepublikens kommunistiska regering förbjöd kyrkan att driva skolor och tvingade salesianerna att stänga skolan. För att rädda klostret från att gå över i statliga händer öppnade salesianerna ett högre teologiskt seminarium för utbildning av salesianska kandidater till prästerskapet.. År 2002 firade seminariet sitt femtioårs jubileum.