Po okresie XIII-wiecznego, spokojnego rozwoju, w wyniku walk o sukcesję po Przemyśle II, świetność materialna zabudowań klasztornych znacznie podupadła. W połowie XIV wieku na ratunek opactwu pospieszył Wierzbięta z Paniewic, starosta generalny Wielkopolski, który dla sprawy cysterskiej uzyskał poparcie króla Kazimierza Wielkiego i rycerstwa wielkopolskiego. Pod wpływem jego mecenatu rozbudowano klasztor.

  Pogodny rozwój opactwa, które w XV wieku w swym beneficjum miało 53 wsie i 3 miasteczka, został zakłócony przez mające miejsce w pierwszej połowie XVI wieku konflikty związane z reformacją i procesem “polonizacji” klasztorów. Wprowadzenie zasady, że zakonnikami w opactwach na terenie Polski mogli być tylko Polacy, stało się powodem wielu napięć także w Lądzie zdominowanym od kilku wieków przez cystersów niemieckich. Ostatecznie w 1553 roku, na fali oskarżeń o sprzyjanie reformacji, zakonnicy pochodzenia niemieckiego opuścili Ląd i udali się do Henrykowa na Śląsku.

  Pierwszym polskim opatem został Jan Wysocki (1560–1568). W XVII wieku opat Jan Zapolski (1644–1689) zainicjował przebudowę kościoła w stylu barokowym. Architekci – Tomasz Poncino, Jan Koński i Jerzy Catenazzi – w latach 1651–1680 rozebrali romańską świątynię i na jej miejscu wybudowali jedynie wschodnią część obecnego kościoła.

  Do największej świetności opactwo lądzkie doprowadził opat Mikołaj Antoni Łukomski (1697–1750), wielki mecenas sztuki i reformator polskich klasztorów cysterskich. Pod jego rządami włoski architekt Pompeo Ferrari od 1728 roku kontynuował barokową przebudowę kościoła oraz rozbudował klasztor. O wystrój wnętrz zadbali malarze – Jerzy Wilhelm Neunherz, Adam Swach, F.L. Raedtke, snycerze i rzeźbiarze – Bartłomiej Adrian, Ernst Broger i Jan Erntygeler oraz organmistrz – Józef Koegler.

  Arcybiskup gnieźnieński Krzysztof Antoni Szembek 21 lipca 1743 roku konsekrował przebudowaną świątynię. Świetność opactwa podupadła, gdy po znalezieniu się Lądu w zaborze pruskim, Prusacy w 1796 roku ograbili zabudowania klasztorne i pozbawili opactwa ziemi. W 1819 roku, kiedy Ląd znalazł się w granicach Królestwa Polskiego, abp warszawski Franciszek Skarbek-Malczewski, pod naciskiem rządu carskiego, dokonał kasaty opactwa.

  W 1822 roku dobra pocysterskie przeszły w ręce hrabiego Wacława Gutakowskiego. W celu ratowania zabudowań przekonał on władze carskie, aby nadały klasztor kapucynom. Nowi gospodarze po osiedleniu się w Lądzie w 1850 roku przeprowadzili remont oraz renowację kościoła i klasztoru (głównie dzięki ofiarności społeczności Warszawy). W 1855 roku zakończono prace restauratorskie. Jednak owocna obecność kapucynów w Lądzie trwała tylko czternaście lat. W 1863 roku w poczuciu miłości do ojczyzny zaangażowali się oni w powstanie styczniowe. Udzielili pomocy o. Maksymilianowi Tarejwo, kapelanowi powstańczemu. Ukrywali kapucyna aż do pojmania go w kwietniu 1864 roku. Rosjanie powiesili Tarejwę w Koninie, pozostałych zakonników wywieźli na Syberię, a namiestnik Berg skasował klasztor.

  W 1888 roku bp włocławski Aleksander Bereśniewicz odkupił od Rosjan zabudowania opactwa i w 1890 roku erygował w Lądzie parafię; powierzył ją trosce kapłanów diecezjalnych.

  W 1918 roku rozpoczęto poszukiwania nowego gospodarza, który podjąłby się przywrócenia klasztorowi dawnej świetności. Dzięki staraniom ks. Franciszka Szczygłowskiego ze Słupcy bp włocławski Stanisław Zdzitowiecki w kwietniu 1921 roku przekazał obiekt pod opiekę Zgromadzenia Salezjańskiego. Salezjanie otworzyli w klasztorze Małe Seminarium Duchowne oraz przystąpili do naprawy zniszczeń i adaptacji pomieszczeń klasztornych dla potrzeb swego dzieła wychowawczego.

  Pomyślny rozwój Małego Seminarium został przerwany przez wybuch drugiej wojny światowej. W 1939 roku hitlerowcy w ramach eksterminacji narodu polskiego urządzili w klasztorze obóz dla duchownych, których następnie wywozili do obozów koncentracyjnych. Do roku 1941 przebywało w nim 152 kapłanów diecezjalnych i zakonnych, w tym bł. bp Michał Kozal. Po likwidacji obozu w klasztorze mieściła się placówka Hitlerjugend.

  Salezjanie powrócili do Lądu w 1945 roku, reaktywując działalność Małego Seminarium. Trwała ona tylko do 1952 roku, tj. do chwili zamknięcia dzieła z powodu prześladowań ze strony komunistycznych władz PRL-u. Aby zapobiec przejęciu klasztoru przez władze państwowe, salezjanie 4 lipca 1952 roku otworzyli w Lądzie Wyższe Seminarium Duchowne. W 2002 roku seminarium obchodziło jubileusz pięćdziesięciolecia swej działalności.